Le canton du Jura entretient des relations étroites avec les cantons de la Suisse du Nord-Ouest et, en particulier, avec la région bâloise ainsi qu’avec les partenaires français et allemands de l’espace rhénan. Son action se déploie sur trois axes :
 

1. La région bâloise

Soucieux de mettre en valeur leur histoire commune et de renforcer les synergies régionales, le canton du Jura et le canton de Bâle-Ville conduisent une politique de coopération active. Afin d’institutionnaliser leurs relations, ils ont signé en 2008 un accord de coopération. Le développement économique et la promotion de l’innovation sont au centre des actions communes qui ont abouti en novembre 2015 à la fusion de BaselArea et d’i-net innovation networks. Les réflexions communes portent également sur les synergies possibles en matière de formation, culture, santé et transports.

2. La Suisse du Nord-Ouest

Les cantons d’Argovie, de Bâle-Campagne de Bâle-Ville, du Jura et de Soleure forment la Conférence des gouvernements cantonaux de la Suisse du Nord-Ouest (CGNO). La conférence a pour objectif l'échange d'informations entre les cantons, le renforcement des collaborations intercantonales, une défense active des intérêts de la région auprès de la Confédération, des autres cantons suisses ainsi que des régions européennes voisines.
 

La Conférence métropolitaine de Bâle (CMB) dépasse le cadre traditionnel de la coopération politique. Portée par la CGNO, elle regroupe les acteurs de la politique, de l’économie et de la société civile régionaux afin d’assurer une meilleure représentation des intérêts de la région.

Les thèmes abordés au sein de la CGNO et de la CMB sont ceux pour lesquels une approche régionale spécifique est nécessaire. Il s'agit essentiellement des transports, de l’économie, de l’innovation, de la formation et des relations transfrontalières.

3. Le Rhin supérieur

Les relations au-delà des frontières nationales se concrétisent à travers la Conférence du Rhin supérieur. Cette dernière regroupe les Länder du Bade-Wurtemberg et de Rhénanie-Palatinat, la Région Alsace Champagne-Ardenne Lorraine et les départements du Bas-Rhin et du Haut-Rhin ainsi que les cantons de la Suisse du Nord-Ouest. Conçu comme une plateforme d'information et de coordination des collectivités territoriales de l'espace franco-germano-suisse, la conférence vise à renforcer les collaborations transfrontalières afin d’atténuer les effets frontières et utiliser les potentiels existants dans le Rhin supérieur. La conférence est active dans des domaines très diversifiés dont l'économie, les transports, l’énergie, la formation, la culture et la santé.
 

Réunissant les représentants des gouvernements suisses, français et allemands, la Commission intergouvernementale pour le Rhin Supérieur est chargée de résoudre les problèmes transfrontaliers qui dépassent les compétences de la Conférence du Rhin supérieur. Les travaux de la commission portent sur les mêmes thèmes que ceux de la conférence.

Le programme INTERREG Rhin supérieur joue un rôle majeur pour le développement de l’espace franco-germano-suisse puisqu’il permet de cofinancer un grand nombre de réalisations de la Conférence du Rhin supérieur ainsi que d’autres acteurs transfrontaliers. Parmi les projets avec participation jurassienne, il faut citer le système d’information géographique du Rhin supérieur, le réseau des acteurs de l’énergie TRION et la destination touristique Upper Rhine Valley.