La coopération interrégionale concerne les actions conduites avec des régions n'ayant pas de liens de voisinage avec le Jura.
 

Au plan bilatéral

Elle constitue sans nul doute une spécificité jurassienne à l’échelle suisse. Le Jura est en effet le premier canton suisse à avoir signé des accords de coopération avec des partenaires ne partageant pas avec lui une frontière commune.

Au plan multilatéral

La politique jurassienne de coopération a eu pour cadre principal l’Assemblée des Régions d’Europe (ARE). Au travers de son engagement au sein de l’ARE, la République et Canton du Jura milite pour la reconnaissance du rôle des régions dans la construction européenne.