Dans ses activités de conservation des forêts, l'Etat veille au maintien de l’aire forestière et à la préservation des forêts contre les atteintes extérieures. La supervision de l'état de santé des forêts jurassiennes, dans le but de limiter les dégâts biotiques et abiotiques, constituent des tâches centrales dans une période marquée par les changements climatiques.
Les thèmes principaux liés à la conservation des forêts sont les défrichements (autorisés ou illicites), les constructions en forêt et à proximité de forêt (moins de 30 m) et la constatation officielle de l'aire forestière. Différentes tâches de police sont attribuées à l'Office de l'environnement dans ce domaine.
La législation fédérale sur les forêts définit la forêt comme "toutes les surfaces couvertes d’arbres ou d’arbustes forestiers à même d’exercer des fonctions forestières". Elle inclut les forêts pâturées, les pâturages boisés, les routes et autres constructions en forêt, les vides dans les peuplements forestiers ainsi que les surfaces faisant l'objet d'une mention d'obligation de reboiser au Registre foncier. La délimitation des surfaces à considérer comme forêt est effectuée par l'Office de l'environnement. Cette procédure peut se faire à la demande d'un propriétaire d'un bien-fonds (demande de constatation de nature forestière) ou lors d'une procédure d'aménagement du territoire.
Avec la collaboration des gardes forestiers de triage, des autorités fédérales et cantonales concernées et des instituts de recherche, l'Office de l'environnement relève la présence et l'ampleur des atteintes à la forêt par les agents abiotiques et différents organismes (insectes, champignons, gibier…). Il informe les propriétaires de forêt, les milieux intéressés et le public de l’actualité en matière de protection des forêts et conseille les propriétaires de forêt pour toute question sur la protection des forêts. Finalement, il prend les mesures préventives et de réparation nécessaires.
Le Département de l'environnement et de l'équipement (DEE) a édicté des directives relatives au subventionnement des mesures de prévention et de réparation des dégâts aux forêts qui sont entrées en vigueur le 1er janvier 2012. Elles rappellent les principes applicables en vue de garantir une lutte efficace contre les maladies et parasites en forêt. Elles fixent les modalités et le montant des subventions pouvant être accordées aux propriétaires de forêts pour les mesures nécessaires.
Au sein des forêts protectrices, les présentes directives ne s'appliquent qu'aux forêts définies comme "autres forêts protectrices" dans le plan directeur cantonal des forêts. Elles ne s'appliquent donc pas aux forêts à vocation "protection physique" (forêts protectrices prioritaires). Dans ces dernières, les mesures sont subventionnées sur la base de la notice "Modalités de subventionnement des soins aux forêts protectrices prioritaires" de l'Office de l'environnement.














