Les enjeux actuels de la gestion des cours d'eau sont la protection durable des milieux aquatiques, la limitation des atteintes, le rétablissement d'une dynamique plus proche de l'état naturel, ainsi que la protection contre les crues.
 

Coude du Doubs Coude du Doubs

Le réseau des cours d'eau du canton du Jura est remarquable par sa richesse et sa diversité. Il est formé de plus de 300 kilomètres de ruisseaux et rivières appartenant pour les uns au bassin versant du Rhône et pour les autres à celui du Rhin.

Durant ces dernières décennies, la qualité des eaux s’est considérablement améliorée grâce aux stations d’épuration et au taux élevé de raccordements au réseau d’égouts. On observe cependant encore des problèmes ponctuels de contamination des eaux comme les pollutions accidentelles ou encore les écoulements de toxiques d’origine agricole ou industrielle et la situation demeure préoccupante.

La morphologie et le régime hydraulique des cours d’eau ont été gravement perturbés par de nombreuses interventions humaines. L’imperméabilisation des sols, les drainages agricoles et les prélèvements d’eau contribuent à accentuer les étiages et à augmenter la fréquence et l’intensité des crues.

Aujourd’hui, de nombreux ruisseaux et rivières du canton ne peuvent plus remplir leurs fonctions écologiques. Les études du Plan Régional d'Evacuation des Eaux (PREE) Birse et du Contrat de rivière transfrontalier Allaine ont permis de mettre en évidence deux types de déficits majeurs pour les cours d'eau principaux et les affluents qui les composent: le manque d'espace et une morphologie dégradée (structure trop artificielle du lit et des berges, nombreux obstacles longitudinaux).

Les zones humides sont des milieux précieux. Elles jouent un grand rôle écologique et de régulation des débits des cours d’eau. En Suisse, 90% des zones humides ont disparues au cours du siècle dernier. L’acceptation de l’initiative de Rothenthurm en 1987 a permis de dresser trois inventaires fédéraux de marais et sites marécageux à protéger.

Redonner aux cours d'eau jurassiens un état aussi naturel que possible respectant les exigences de l'écologie et de la protection contre les crues, tels sont les enjeux principaux de la gestion des eaux de surface dans le canton. Le rétablissement d'un état naturel des cours d'eau aura aussi un impact positif direct sur la qualité des eaux souterraines servant à l'approvisionnement en eau potable.