La morphologie et le régime hydraulique des cours d'eau ont été gravement perturbés par de nombreuses interventions humaines sur le territoire. Malgré les améliorations dues aux STEP, des problèmes de contamination des eaux sont encore et toujours observés.
Il n'est pas étonnant, dès lors, que les poissons et écrevisses figurent parmi les espèces les plus menacées de la faune sauvage indigène. Face à cette situation, le canton du Jura s'est engagé dans un vaste programme de préservation et de réhabilitation des écosystèmes aquatiques. Parmi ses objectifs figure notamment le rétablissement du libre déplacement de la faune aquatique.
Au cours du temps, l'Homme a apporté aux cours d'eau toute une série de modifications qui ont très souvent un impact direct sur les déplacements de la faune piscicole. Or, ces déplacements au sein du réseau hydrographique sont indispensables à l'accomplissement du cycle biologique des poissons. La recherche de nourriture, de caches, de sites de reproduction, de secteurs favorables au développement des juvéniles, de refuges en cas de pollution ou de sécheresse en constituent les principales raisons.
Afin de rétablir le libre déplacement de la faune aquatique, le canton du Jura veille à ce que des passes à poissons soient réalisées ou que les obstacles soient éliminés. Une première passe a été réalisée en 2004 le long du seuil du Pont de Vellerat à Courrendlin. D'autres seuils seront assainis ces prochaines années.
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