Le fonds repose sur le principe de la solidarité entre entreprises. Pour l'alimenter, une contribution est prélevée par les caisses de compensation pour allocations familiales auprès des entreprises privées et des collectivités publiques sur la base des salaires déterminants selon la législation sur l'assurance-vieillesse et survivants. Depuis l’existence du fonds, le taux de la contribution est de 0.05 %. Par ailleurs, sur proposition du Conseil de direction, le Gouvernement a maintenu ce taux jusqu'au 31 décembre 2016 (selon l'arrêté du 27 août 2013).

En vertu de l'article 18 de la loi concernant le fonds pour le soutien aux formations professionnelles, la possibilité est offerte aux fonds de branches professionnelles, voire aux fonds sectoriels de branches, d'être reconnus par le Gouvernement jurassien. Cette reconnaissance présuppose que les fonds de branches ou sectoriels assurent des prestations au moins équivalentes au fonds cantonal. Dans ce cas, les entreprises de la branche ne bénéficient pas des prestations du fonds pour le soutien aux formations professionnelles. En fin d'année, l'administration du fonds transmet la liste des entreprises exonérées de l'obligation de cotiser au fonds cantonal aux caisses de compensation pour allocations familiales.

Les caisses perçoivent pour leurs tâches une indemnisation forfaitaire correspondant à 3% de la totalité des montants facturés au titre de la contribution du fonds. Les modalités de perception sont définies au chapitre II de l'ordonnance concernant le FSFP.