Le patrimoine naturel du canton du Jura est conservé et valorisé au sein du Musée jurassien des sciences naturelles et du Jardin botanique, situés aux numéros 21 et 22 sur la route de Fontenais à Porrentruy, à moins de 10 minutes à pied de la gare CFF.
 

Le Musée jurassien des sciences naturelles (MJSN), qui a ouvert ses portes en 1989, est le seul musée cantonal. Il forme avec le Jardin botanique un binôme unique en Suisse. Il conserve des collections d'importances historique et scientifique composées de près de 100'000 spécimens.

Ses expositions permanentes "Jura, dans les profondeurs des mers jurassiques" et "Faune et flore locales" occupent les salles du 2ème étage du musée, alors que le 1er étage est consacré à l'accueil des expositions temporaires.

Avec l'entrée en fonction, en avril 2012, d'un conservateur ad intérim à 100%, le développement du projet Paléojura et la création de la Fondation Jules Thurmann, le MJSN est appelé à prendre de l'ampleur durant ces prochaines années afin d'assurer notamment la conservation et la valorisation du patrimoine naturel cantonal.

Situé à une cinquantaine de mètres du MJSN, le Jardin botanique comporte des plates-bandes systématiques, un espace consacré à la flore jurassienne et un parc arboré. Diverses serres présentent des orchidées et broméliacées, des plantes carnivores, des espèces de climat méditerranéen ainsi que l'une des plus importantes collections de cactus de Suisse. Une grande serre tropicale restitue l'ambiance de la forêt vierge, avec ses fougères arborescentes et ses exubérances végétales.

L'équipe actuelle compte dix personnes : le conservateur ad intérim, la responsable de la coordination du projet Paléojura (50%), un collaborateur scientifique, une responsable administrative (50%), un collaborateur opérationnel, le jardinier-chef, trois jardiniers et une apprentie.