L'entretien courant de l'A16 entre Boncourt et Court est assuré par une équipe du Centre d'exploitation des Prés Roses à Delémont. Sa mission: veiller à la sécurité et au confort des usagers.
En alerte 24 heures sur 24, cette équipe a pour tâche d'intervenir pour garantir que l'autoroute soit en permanence libre de tout obstacle. En effet, il arrive fréquemment que des objets perdus par les véhicules obstruent les voies de circulation.
A l'occasion des lavages, les panneaux de signalisation sont démontés et nettoyés. Quant aux caniveaux, qui se remplissent principalement de paille et de copeaux de bois, ils sont nettoyés deux fois par année. Lors de chaque curage, ce sont entre 40 et 50 tonnes de déchets qui sont extraits des tunnels. L'équipe d'entretien profite de la fermeture de l'autoroute pour laver les portes SOS et les tubes d'éclairage. Ces derniers sont changés tous les cinq ans en moyenne pour garantir une luminosité adéquate.