Comme leur fonction l’indique, les conseillers pédagogiques conseillent les directions et le corps enseignant sur les pratiques et les méthodes pédagogiques. Ils assurent un soutien pédagogique aux nouveaux enseignants. Ils apportent un regard extérieur afin de permettre aux enseignants de développer une attitude réflexive sur leur pratique. Ils promeuvent la qualité de l'enseignement en veillant à ce que l'instruction et l'éducation dispensées soient conformes aux dispositions légales et réglementaires.
L’accompagnement est confidentiel et à disposition de tout le corps enseignant jurassien.
Le conseil pédagogique s’occupe uniquement de l’accompagnement. Le contrôle appartient à l’inspection scolaire.