Le secrétariat de la Chancellerie est l'état-major du Gouvernement. Il remplit plusieurs missions:
 

Secrétariat et courrier du Gouvernement

La Chancellerie d'Etat réceptionne, enregistre, distribue et gère le courrier du Gouvernement. Elle établit l'ordre du jour et dresse le procès-verbal de la séance hebdomadaire du Gouvernement. En fonction des décisions prises, elle rédige la correspondance, traite les dossiers qui lui sont attribués et expédie l’ensemble des affaires traitées par le Gouvernement. Elle répertorie et archive l'ensemble des arrêtés, décisions, directives, ordonnances, règlements, conventions, accords et contrats adoptés par le Gouvernement. Elle tient l'inventaire des commissions et groupes de travail institués par le Gouvernement.

Planification, information et transmission des données entre le Gouvernement et les départements

La Chancellerie planifie le traitement par le Gouvernement des objets émanant des départements. Elle gère le déroulement des procédures décisionnelles et s'assure de la cohérence de l’agenda politique. La Chancellerie transmet les dossiers traités par le Gouvernement aux départements et services concernés et constitue ainsi le rouage indispensable dans la circulation de l’information au sein de l’administration à tous les stades du processus décisionnel. Le Chancelier réunit périodiquement la Conférence des chefs de service (CCS) pour favoriser la coordination de l'action étatique.

Relations interjurassiennes

La Chancellerie est le point de contact avec l'Assemblée interjurassienne (AIJ) et assure le suivi des dossiers de l'AIJ au sein de l'administration jurassienne. Elle s'occupe également des liens entre le Gouvernement et différents forums parmi lesquels se trouvent le Conseil consultatif des jurassiens de l’extérieur (CCJE) et le Comité de la Conférence des chefs de services (CCS). La Chancellerie organise également les rencontres périodiques entre le Gouvernement et les Parlementaires fédéraux jurassiens et se charge de la bonne coordination entre l'exécutif et les représentants du canton au niveau fédéral.

Programme et rapport de législature

Au début de chaque législature, le Gouvernement présente le Programme de législature à l'attention du Parlement. Puis, en fin de législature, le Gouvernement fait le bilan de la réalisation des objectifs fixés dans le Programme de législature et rédige un Rapport de législature à l'attention du Parlement. Dans la réalisation de ces deux documents, la Chancellerie d'Etat assiste le Gouvernement et s'occupe de la coordination avec les départements et les unités administratives.

Rapport au Parlement sur la réalisation des motions et postulats

La Chancellerie d'Etat assiste également le Gouvernement dans le suivi de la réalisation des motions et postulats acceptés par le Parlement.

Protocole

La Chancellerie d'Etat est responsable du protocole de l'Etat. A ce titre, c'est elle qui organise les manifestations officielles du Gouvernement telles que réceptions, visites et autres événements.

Renforcement des bases décisionnelles du Gouvernement

La Chancellerie assure le lien entre le Gouvernement et différents forums qui ont pour fonction de l'appuyer dans sa politique, notamment le Conseil consultatif des Jurassiens de l'extérieur (CCJE) et le Comité de la Conférence des chefs de services (CCS). La Chancellerie organise également les rencontres périodiques entre le Gouvernement et les Parlementaires fédéraux jurassiens et se charge de la bonne coordination entre l'exécutif et les représentants du canton au niveau fédéral.

Organisation des élections et votations et établissement de documents officiels

La Chancellerie a la responsabilité d'organiser les élections et votations populaires aux niveaux cantonal et fédéral. Elle est également responsable de la publication du Journal officiel, de la comptabilité de la Chancellerie et du Gouvernement et de la gestion du central téléphonique de l'Etat.