Le Service juridique gère l'exécution des peines et mesures prononcées par les autorités judiciaires jurassiennes - à l'exception du Tribunal des mineurs - et celles déléguées par d'autres cantons.
Le Service juridique s'occupe en particulier de l'exécution des sanctions pénales suivantes:
- peines privatives de liberté
- mesures thérapeutiques
- internements
- travaux d'intérêt général
- amendes et peines pécuniaires restées impayées qui font place à une peine privative de liberté de substitution
Les personnes condamnées à une peine privative de liberté sont placées soit à la Prison de Porrentruy ou la Prison de Delémont, soit dans d'autres établissements pénitentiaires de Suisse, en fonction notamment de la durée de leur peine.