- Délégation aux affaires jurassiennes: Nathalie Barthoulot (présidente), Martial Courtet et Jacques Gerber
- Etat-major cantonal de conduite: Nathalie Barthoulot (présidente), David Eray et Jacques Gerber
- Conférence diocésaine: Martial Courtet et Nicolas Guenin
- Conférence des gouvernements cantonaux: Jacques Gerber
- Conférence des gouvernements de Suisse occidentale: Jacques Gerber
- Conférence des gouvernements de la Suisse du nord-ouest: Jacques Gerber
- Conférence métropolitaine de Bâle: Jacques Gerber
- Conférence franco-germano-suisse du Rhin supérieur: Jacques Gerber
- Fondation.ch pour la collaboration confédérale: Nathalie Barthoulot
- Arcjurassien.ch: David Eray
- Conseil régional de la RTS: Gladys Winkler Docourt
- Fondation Léchot-Légobbé: Nathalie Barthoulot
- Conseil consultatif des Jurassiens de l’extérieur: Jacques Gerber et Gladys Winkler Docourt
Autres délégations qui relèvent de chaque département
Département de l’économie et de la santé
- Conférence des chefs des départements cantonaux de l'économie publique
- Conférence des chefs de département de l'économie publique de Suisse occidentale Conférence des directeurs cantonaux de l'agriculture
- Conférence spécialisée sur le marché de loteries
- Conférence romande des loteries et des jeux
- Conférence suisse des directeurs cantonaux de la santé
- Conférence latine des affaires sanitaires et sociales
- Office cantonal de l’approvisionnement économique du pays
Département de l'intérieur
- Conférence des directeurs cantonaux des affaires sociales
- Conférence latine des affaires sanitaires et sociales
- Conférence des directeurs des départements cantonaux de justice et police
- Conférence latine des chefs de départements de justice et police
- Conférence latine des directeurs des affaires militaires et de la protection de la population
- Conférence gouvernementale des affaires militaires, de la protection civile et des sapeurs-pompiers
- Conférence latine des directeurs en matière d'asile et de migrants
- Conférence des autorités cantonales de surveillance de l’état civil
Département de l’environnement
- Conférence suisse des directeurs cantonaux des travaux publics, de l'aménagement du territoire et de l'environnement
- Conférence suisse des chefs de départements cantonaux des forêts
- Conférence des directeurs cantonaux de l'énergie
- Conférence des directeurs cantonaux des transports publics
- Comité du groupement suisse pour les régions de montagne
- Conférence des directeurs des travaux publics, de l'aménagement du territoire et de la protection de l'environnement de la Suisse occidentale et latine
- Conférence des transports de Suisse occidentale
- Conférence des directeurs cantonaux des transports publics de la Suisse du nord-ouest
- Energie du Jura SA
- Association TGV Rhin-Rhône-Méditerranée
- Association Interlignes
- Comité de suivi INTERREG France-Suisse
Département des finances
- Conférence des directeurs cantonaux des finances
- Comité de la conférence des directeurs cantonaux des finances
- Conférence des directeurs cantonaux des finances des cantons romands, Berne et Tessin
- Conférence latine des chefs de départements de justice et police
- Concordat créant une autorité de surveillance au sens de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle et des fondations de Suisse occidentale
- Conseil d'administration et comité des Salines Suisses du Rhin SA
- Conseil d’administration de SelFin Invest AG
- Comité de pilotage du programme suisse de cyberadministration
- Etablissement cantonal d’assurance immobilière
- Banque cantonale du Jura
- Conseil d’administration de la société immobilière Campus tertiaire
Département de la formation, de la culture et des sports
- Conférence suisse des directeurs cantonaux de l'instruction publique
- Conférence des cantons signataires de l’accord intercantonal sur les contributions dans le domaine des écoles supérieures
- Conférence des cantons signataires du concordat sur les bourses d’études
- Conférence des cantons membres du concordat sur les hautes écoles
- Comité stratégique de la HES-SO
- Comité stratégique HE-Arc
- Comité stratégique HEP-BEJUNE
- Conférence intercantonale de l'instruction publique de la Suisse romande et du Tessin
- Fondation des archives de l'ancien évêché de Bâle
- Regionales Schulabkommen
- Centre suisse de coordination pour la recherche en éducation
- Fondation éducation 21
- Fondation Jules Thurmann
- Commission cantonale du patrimoine historique
- Commission des archives
- Fondation BD