L'infrastructure cyclable est planifiée, réalisée et entretenue par le Service des infrastructures (SIN) en étroite collaboration avec le Service du développement territorial (SDT). Les projets d’infrastructure cyclable intègrent les communes, les propriétaires privés et autres groupes d’intérêt.

Produire un réseau cyclable sûr, confortable et continu pour le quotidien et les loisirs se traduit par différentes interventions : construction de pistes cyclables, adaptation de routes cantonales au trafic cycliste, suppression des points noirs, marquage et balisage d'itinéraires.

La Loi cantonale sur les itinéraires cyclables (RSJU 722.31) et le Plan sectoriel des itinéraires cyclables (PSIC, 2017) constituent le cadre de référence.

Le réseau VTT, dont l'entretien est géré par Jura Rando, offre près de 640 kilomètres de parcours balisés reliés ou superposés pour certains au réseau cyclable cantonal.