Le médecin cantonal est le responsable médical pour les domaines de l'Etat comportant une responsabilité de santé publique. Sa fonction a été créée à l'origine pour lutter contre les épidémies; il est le correspondant cantonal de l'Office fédéral de la Santé publique dans ce cadre. Les différents domaines dont il est amené à s'occuper en font un médecin généraliste de santé publique.
 

1. Lutte contre les maladies transmissibles

Sa mission première reste en tête de liste des activités, de par la surveillance du système de déclaration des maladies et des germes transmissibles, la mise en place des mesures nécessaires, notamment les campagnes de prévention et de vaccination.

2. Maladies non infectieuses et prévention

Dans ce domaine il s'agit d'organiser, avec les partenaires concernés et notamment la Fondation O2, la prévention des maladies non infectieuses telles que le tabagisme, l'obésité, les accidents, les violences et maltraitances; contribuer à la promotion de la santé sexuelle et reproductive et à la prévention en la matière; dépistage et surveillance des maladies cancéreuses.

3. Professions

Le médecin cantonal est chargé de l'élaboration et du suivi des textes législatifs s'appliquant à l'exercice des professions médicales et de la santé. A ce titre, il surveille l'activité des professionnels au bénéfice d'une autorisation de pratique dans le canton avec lesquels il est en contact régulier; surveillance et dénonciation éventuelle d'activités illégales.

4. Santé scolaire

Le médecin cantonal est responsable de concevoir, élaborer et édicter les directives de l’unité de santé scolaire et assurer la surveillance générale de son bon fonctionnement en lien étroit avec les infirmières et médecins scolaires.

5. Dépendances

Le médecin cantonal surveille l'application des dispositions légales en matière de dépendances, notamment celles relatives aux traitements de substitution; c'est lui qui donne les autorisations de traitement, en particulier à la méthadone, et en surveille l'application. Il préside la Commission cantonale de coordination en matière de dépendances.

6. Autres activités

Le médecin cantonal participe aux travaux de planification sanitaire et hospitalière; il surveille l'application de critères médicaux lors de l'octroi de garanties de paiement pour des hospitalisations hors canton; il traite d'aspects relatifs à la médecine légale dans les domaines du secret médical et professionnel, des privations de liberté à des fins d'assistance (PLAFA), des droits des patients, des interruptions de grossesse, des soins dans les prisons. Il apporte ses compétences médicales dans les préparatifs des planifications en cas de catastrophes ou autres événements majeurs.