Les principaux groupes de fonds
Archives administratives (Dès 1979)
Conformément à la loi sur l’archivage du 20 octobre 2010 (RSJU 441.21), les ArCJ conservent les archives produites par les instances officielles depuis l’entrée en souveraineté du canton en 1979.
Archives de la période bernoise (1815-1978)
Pour cette période, le territoire jurassien était administré par le canton de Berne.
Archives privées
Depuis l’entrée en souveraineté, les ArCJ ont récolté quelques 300 fonds privés de personnes, d'institutions ou d'entreprises jurassiennes ou d’intérêt pour l’histoire et la culture jurassienne.