Quiconque entend exercer la pêche à la ligne dans les eaux cantonales doit être en possession d'un permis.
Ce dernier donne le droit de pratiquer la pêche dans l'Allaine, la Birse, le Doubs, la Sorne et la Scheulte, sous réserve des restrictions et interdictions figurant dans le règlement.
Plusieurs types de permis sont disponibles. Outre le permis annuel, le canton du Jura délivre également des permis mensuels, hebdomadaires, week-end et journaliers.
La liste des administrations et commerces habilités à vendre les permis de pêche ainsi que le formulaire pour l'obtention d'un permis annuel sont disponibles sur ce site. Le tableau des catégories de permis et émoluments en matière de pêche figure en annexe 1 du Règlement sur l'exercice de la pêche. Les permis de pêche annuels ne sont pas délivrés au guichet de l’Office de l’environnement, ils peuvent être commandés au moyen du formulaire ou via le Guichet virtuel. Il en est de même pour les permis de pêche de courte durée qui doivent être commandés via le Guichet virtuel ou dans les points de vente.
En outre, l'ordonnance fédérale sur la protection des animaux oblige les nouveaux pêcheurs à suivre une formation avant qu'ils ne puissent acquérir un permis de pêche annuel. Certaines catégories de pêcheurs en sont cependant exemptées. Cette formation n'est ainsi pas exigée pour les pêcheurs ayant bénéficié d'un permis annuel jurassien durant les années 2004 à 2008 ainsi que pour les personnes souhaitant bénéficier d'un permis de courte durée à vocation touristique. La formation des pêcheurs sera assurée par la Fédération cantonale des pêcheurs jurassiens.
Afin de promouvoir la pêche dans le Canton, les personnes prenant pour la première fois un permis de pêche annuel peuvent bénéficier gratuitement d'un ouvrage didactique sur les poissons:
- Atlas de distribution des poissons de Suisse, pour les pêcheurs adultes
- CD-ROM sur les poissons intitulé «Vivre sous l'O», pour les adolescents, étudiants et apprentis
Ces ouvrages peuvent être retirés à l'Office de l'environnement (ENV) sur simple présentation du permis de pêche annuel valable (récépissé du bulletin de versement oblitéré).
Protection des eaux: Doubs franco-suisse
Les autorités suisses et françaises collaborent pour améliorer la qualité des eaux et des milieux aquatiques de cette rivière franco-suisse. Pour de plus amples détails, consultez le lien ci-après.