Le cheval est un élément indissociable de l'image du canton. Que ce soit le cheval Demi-Sang ou le cheval Franches-Montanges, unique race indigène suisse, ils sont étroitement liés au paysage jurassien.
Le Service de l'économie rurale, en collaboration étroite avec les fédérations chevalines et d'autres institutions, soutient à travers de nombreuses actions la pérénités de ces races.
La marque "Spécialité du Canton du Jura" peut être attribué aux chevaux Franches-Montagnes sur pied pour autant qu'ils correspondent à des conditions d'élevage et de détentions strictes.