Dans un projet d'une telle envergure, rien ne s’improvise. Les enjeux économiques, environnementaux notamment sont tels que mises à part ce qui découle des autorisations, permis et autres décisions administratives, tout doit être soigneusement planifié, discuté entre les parties puis «ficelé» sous forme d’accords et de conventions.
Le texte fondateur de l’assainissement de la décharge de Bonfol est l’ « Accord-cadre » du 17 octobre 2000 passé entre le Gouvernement jurassien et la Chimie bâloise (bci). Dans cet accord-cadre, la bci s’engage à «assainir d’une manière complète et définitive la décharge».
Par la suite, en 2005, le canton du Jura et la Chimie bâloise ont signé une convention qui précise notamment que «les Parties conviennent qu’en toutes circonstances la commune de Bonfol et le canton du Jura n’ont à assumer aucune obligation financière relative aux coûts d’assainissement».
Cette disposition était nécessaire pour éliminer toute velléité d’impliquer financièrement le Canton et/ou la commune dans ce projet d’assainissement.