Tous les animaux qui n'appartiennent pas à une espèce pouvant être chassée sont protégés.
Toute personne désirant chasser doit être au bénéfice d'un permis de chasse.
Seules les espèces suivantes sont chassables sur le territoire jurassien :
- Chevreuil, chamois, sanglier ;
- Renard, blaireau, fouine, martre, chat haret ;
- Cormoran, canard colvert, sarcelles d'été et d'hiver ;
- Bécasse des bois ;
- Pigeon ramier, tourterelle turque ;
- Grand corbeau, corneille noire, pie, geai des chênes ;
- Rat musqué.
Le plan de chasse ainsi que les prescriptions détaillées relatives à la chasse dans le canton du Jura figurent dans le règlement sur l'exercice de la chasse.