Tous les animaux qui n'appartiennent pas à une espèce pouvant être chassée sont protégés.
Toute personne désirant chasser doit être au bénéfice d'un permis de chasse.
Seules les espèces suivantes sont chassables sur le territoire jurassien:
- le chevreuil, le chamois, le sanglier
- le renard, le blaireau, la fouine, la martre, le chat haret
- le cormoran, le canard colvert, les sarcelles d'été et d'hiver
- la bécasse des bois
- le pigeon ramier, la tourterelle turque
- le grand corbeau, la corneille noire, la pie, le geai des chênes
- le rat musqué
Le plan de chasse ainsi que les prescriptions détaillées relatives à la chasse dans le canton du Jura figurent dans le règlement sur l'exercice de la chasse.