Le 16 septembre 2004, après neuf mois d'intenses travaux, l’Office de l'environnement (anciennement Office des eaux et de la protection de la nature - OEPN) a publié sa prise de position relative au projet d'assainissement de la décharge industrielle de Bonfol.
Ce dernier avait été déposé en décembre 2003 par la Chimie bâloise (bci). Dans sa prise de position, le Canton a accepté le concept général d'assainissement retenu par la bci, mais a demandé des compléments sur une cinquantaine de points.
Tout au long du processus d'examen du projet d'assainissement et comme le préconise la Confédération, bci et le Canton ont travaillé en partenariat et non par une politique du fait accompli. Un choix qui a d'ailleurs porté ses fruits puisque sur la cinquantaine de compléments demandés par le Canton, seuls deux ont été contestés par bci. Ces deux désaccords portaient pour le premier sur la nécessité de réaliser une étude d'impact sur l'environnement pour les opérations de conditionnement des déchets et pour le second sur l'opportunité de procéder à des sondages supplémentaires en vue de renforcer les connaissances hydrogéologiques.
Courant 2007 et 2008, dans le cadre du traitement du plan spécial cantonal puis des demandes de permis de construire, ce sont encore plusieurs centaines de conditions qui ont été fixées par le Canton à bci, relevant de plus de 30 lois et ordonnances cantonales et fédérales relevant notamment des domaines suivants:
- environnement en général
- protection des eaux
- aménagement du territoire
- protection des travailleurs
- etc.
Dès 2006, des interrogations sur les risques encourus par les habitants de Bonfol et les populations voisines ont été soulevées. L'Autorité cantonale a souhaité disposer d'un avis d'expert supplémentaire sur cette question. Elle a dès lors solliticé l'Institut National de l'Environnement industriel et des Risques (INERIS), un établissement public placé sous la tutelle du ministère français de l'Ecologie et du développement durable. Les rapports y relatifs sont disponibles ci-après.
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