L'approvisionnement en eau potable de la population, tant au niveau qualitatif que quantitatif, est considéré comme un besoin de base fondamental.
Les ressources du canton du Jura sont essentiellement d'origine karstique. Ces conditions géologiques sont à l'origine de grandes variations au niveau des débits et de la qualité de l'eau. C'est pour cette raison qu'il est généralement nécessaire de prévoir un système de traitement des eaux (filtration, désinfection...) afin de la rendre potable.
Les ressources en eau sont réparties de manière relativement inégales sur le territoire cantonal. En effet, le district de Delémont ne connaît que peu de problèmes d'approvisionnement alors que celui des Franches-Montagnes ne dispose pas de ressources suffisantes et puise son eau dans le Vallon de St-Imier. En Ajoie, l'or bleu est mal réparti ce qui nécessite une gestion particulièrement optimisée des interconnexions de réseaux d'eau. Une conduite de transport a été notamment installée lors de la construction de la Transjuranne reliant l'Ajoie, le Clos du Doubs et la Vallée de Delémont. De la même manière, la commune de Courrendlin est reliée au réseau d'eau de Moutier.
La haute surveillance de la qualité de l'eau potable incombe au laboratoire cantonal. Ce dernier édicte des mesures, en cas de pollutions de l'eau potable, pouvant aller jusqu'à interdire l'utilisation de certaines eaux. L'autocontrôle de l'alimentation en eau potable incombe aux communes et aux syndicats d'eau.