L'épuration des eaux usées produites par les activités humaines est indispensable pour préserver la qualité de nos cours d'eau et des eaux souterraines.

La construction des stations d'épuration (STEP) a débuté dans les années 60 et est en grande partie achevée. Actuellement, 37 STEP sont en service et épurent les eaux usées d'environ 94% de la population jurassienne. Le canton procède à la haute surveillance du fonctionnement de ces STEP.

Le développement des agglomérations et des voies de communication au cours du siècle dernier a conduit à l’imperméabilisation de vastes surfaces. Durant cette urbanisation, les exigences sanitaires avaient pour priorités d’évacuer rapidement les eaux usées de manière sûre et hygiénique, concrétisées selon la politique du «tout à l’égout». Cette conception de l’évacuation des eaux a engendré de nombreux dysfonctionnements. Les plans généraux d’évacuation des eaux (PGEE), finalisés sur l'ensemble du territoire cantonal, permettront d'optimiser la résolution de ces problèmes en garantissant une gestion globale des systèmes d’évacuation des eaux. Par exemple, ce n’est que récemment que l’infiltration des eaux non polluées ou la mise en place de systèmes séparatifs ont été systématiquement imposés lors de l’aménagement de nouveaux quartiers.

Un des objectifs des PGEE étant l'inventaire du système d'évacuation des eaux, le Canton a mis en place une infrastructure de géodonnées permettant de décrire le réseau et les installations d'assainissement. Les cartes de ces données sont accessibles via le GéoPortail du canton du Jura moyennant l'utilisation d'un mot de passe (accès aux données limité aux ayants-droits).

Un concept de gestion a établi différentes procédures de mise à jour des données liées à l'assainissement. La législation cantonale impose aux communes la transmission annuelle de fichiers de mises à jour. Les deux normes, disponibles ci-contre, décrivent les procédures de transmission des données du cadastre des canalisations et des installations d'assainissement en dehors de la zone à bâtir (PGHZ). La transmission de ces données est notamment exigée par l'ordonnance d'application de la loi cantonale sur la gestion des eaux. Les trois notices concernant les plans d'action, les plans du PGEE et les STEP, décrivent les données disponibles sur le GéoPortail. Les mises à jour sont faites par des procédures internes à l'Office de l'environnement (ENV) sur la base d'informations fournies à bien plaire par les communes.

Dans certains cas, les eaux usées industrielles et artisanales doivent être prétraitées avant leur déversement dans une canalisation publique, conformément aux critères définis dans l'ordonnance fédérale sur la protection des eaux. Les entreprises procèdent à l'autocontrôle de leurs systèmes d'élimination des eaux.

Selon leur degré de pollution, les eaux pluviales des surfaces de routes doivent être soit prétraitées (par rétention ou filtration), soit simplement infiltrées ou conduites dans un cours d'eau si elles sont considérées comme non polluées.