Les eaux souterraines représentent l'unique ressource en eau potable du canton.
Les eaux souterraines sont les eaux qui, après infiltration dans les couches superficielles du sol, se retrouvent dans les nappes souterraines. Elles alimentent également les cours d’eau et garantissent les débits de ceux-ci en période d’étiage.
La particularité du canton du Jura est liée à sa géologie: son sous-sol est en effet principalement karstique. Il en résulte une circulation des eaux souvent très rapide avec une filtration et une autoépuration très faibles et un régime hydrologique caractérisé par de fortes variations de débit. Les bassins d'alimentation des sources sont par conséquent très étendus et les zones de protection couvrent souvent plusieurs kilomètres carrés.
Afin de protéger les aquifères souterrains, des zones de protection ont été délimitées. Les zones S de protection définissent des portions du territoire pour lesquelles des restrictions d'utilisation ou d'exploitation du sol sont établies. Ces zones sont subdivisées en fonction de la vulnérabilité des terrains à la pollution (vitesse de circulation de l'eau dans le sous-sol, présence de gouffres, dolines…, épaisseur de la couverture protectrice), comme suit:
- S1: zone du captage
- S2: zone de protection rapprochée
- S3: zone de protection éloignée
La qualité des eaux souterraines captées est surveillée dans le cadre de l'autocontrôle exercé par les communes ou les syndicats distributeurs d'eau. L'Office de l'environnement (ENV) collabore également au Réseau national d'observation de la qualité des eaux souterraines Naqua, qui suit l'évolution à long terme de plusieurs familles de substances polluantes.
Plusieurs facteurs peuvent altérer la qualité des eaux souterraines. Ce sont, notamment:
- l'utilisation de pesticides et d'engrais
- les sites contaminés (par exemple, pollutions par des solvants chlorés)
- la production d'eaux usées par les ménages et les voies de communication
Les cartes de protection des eaux sont accessibles sur le Géoportail du Canton du Jura.