La supervision de l'état de santé des forêts jurassiennes, dans le but de limiter les dégâts biotiques et abiotiques, constituent des tâches centrales dans une période marquée par les changements climatiques.

Avec la collaboration des gardes forestiers de triage, des autorités fédérales et cantonales concernées et des instituts de recherche, l'Office de l'environnement relève la présence et l'ampleur des atteintes à la forêt par les agents abiotiques et différents organismes (insectes, champignons, gibier…). Il informe les propriétaires de forêt, les milieux intéressés et le public de l’actualité en matière de protection des forêts et conseille les propriétaires de forêt pour toute question sur la protection des forêts. Finalement, il prend les mesures préventives et de réparation nécessaires.

Le Département de l'environnement et de l'équipement (DEE) a édicté des directives relatives au subventionnement des mesures de prévention et de réparation des dégâts aux forêts qui sont entrées en vigueur le 1er janvier 2012. Elles rappellent les principes applicables en vue de garantir une lutte efficace contre les maladies et parasites en forêt. Elles fixent les modalités et le montant des subventions pouvant être accordées aux propriétaires de forêts pour les mesures nécessaires.

Au sein des forêts protectrices, les présentes directives ne s'appliquent qu'aux forêts définies comme "autres forêts protectrices" dans le plan directeur cantonal des forêts. Elles ne s'appliquent donc pas aux forêts à vocation "protection physique" (forêts protectrices prioritaires). Dans ces dernières, les mesures sont subventionnées sur la base de la notice "Modalités de subventionnement des soins aux forêts protectrices prioritaires" de l'Office de l'environnement.

Dégâts dus à une tempête et au bostryche