L’aménagement d’un cours d’eau consiste à modifier sa morphologie, dans l’objectif de rétablir ses fonctions naturelles et, au besoin, d’améliorer la protection des personnes et des biens importants (protection contre les crues).

Dans le canton du Jura, les projets de revitalisation sont portés par l’Etat et ceux visant  la protection contre les crues par les communes. Dans le cadre de la revitalisation, l’objectif principal est de redonner aux cours d'eau un état aussi naturel que possible en rétablissant les fonctions écologiques. Cet objectif est également suivi dans les projets de protection contre les crues, dont le but principal demeure la diminution du risque liés aux inondations.

Les mesures d’entretien des ruisseaux et des rivières sont essentielles pour assurer leurs diverses fonctions.

Dans le canton du Jura, l’entretien des cours d’eau incombe aux communes, qui établissent un plan d’entretien et se dotent d’un fonds permettant d’assurer le financement des mesures. L’entretien des cours d’eau est primordial pour assurer leurs fonctions naturelles, une protection adéquate contre les crues et leur utilisation. Aujourd’hui, de nombreux ruisseaux et rivières du canton souffrent d’absence d’entretien (ou d’entretien inadéquat) pour assurer ces fonctions. Les communes ont donc pour mission de rétablir ou de maintenir ces fonctions à un niveau requis et en assurer la pérennité.